不管患儿在确立为菌血症以前是否接受过抗生素，约有10%~15%将发生脑膜炎。在确定是菌血症之前接受抗生素治疗的小儿中，大多数临床上有好转，而持续有菌血症的很少。

与此相反，未接受抗生素治疗而临床上有好转者很少见到。有不少患儿发生局灶性细菌感染，持续发热和持久性菌血症。

某些权威人士主张对体温40℃以上和白细胞计数在15X109 /L(15000/μl)以上的3~24个月婴幼儿，在等待门诊血培养结果期间就开始用肌注头孢三嗪噻肟或口服羟氨苄青霉素治疗。

但也有人认为若能保证密切观察，可不必急于治疗。不管哪种情况，都必须进行仔细的观察和随访，尤其是在最初的72小时内更宜如此。

专家确诊患有菌血症的门诊患儿，大约有50%被疑及有可治疗的感染病灶，通常是中耳炎和肺炎，因此在确诊菌血症时，常已接受过口服抗生素治疗。