外科手术或内置性静脉插管或导尿管相关性短暂的菌血症常不易测知，一般不必治疗。但若病人有瓣膜性心脏病、血管内假体或接受免疫抑制剂，则应预防性应用抗生素以预防发生心内膜炎。

较为严重的菌血症的预后取决于两个决定因素：首先取决于迅速而彻底的查明感染源;第二是取决于原有的疾病及其伴随的功能障碍等情况。创伤性内置物，特别是静脉内和尿路内插管应迅速清除。在获取革兰氏染色和细菌培养等化验标本后，应立即按经验给予抗生素治疗。

某些病例(如内脏破裂、子宫肌层炎伴脓肿、肠或胆囊坏疽)必须手术治疗，大的脓肿必须切开引流，坏死组织应清除。因肺、胆道或尿路感染而使菌血症持续不退者，若无梗阻及脓肿形成，一般用抗生素治疗通常可获成功。若为多器官衰竭，常发现有多种细菌(多菌种性菌血症)则预后不佳。延误抗生素治疗或外科治疗者，死亡率明显增加。